ในปี พ.ศ. 2369 สมัยรัชกาลที่ 3 แห่งกรุงรัตนโกสินทร์ เจ้าอนุวงศ์แห่งเมืองเวียงจันทน์กบฏไม่ยอมขึ้นกับไทยอีก และได้ยกกองทัพมากวาดต้อนผู้คนในเขตแดนไทยกลับไป ในการปราบกบฏดังกล่าว ท้าวสุวอธรรมาได้ยกทัพจากเมืองยโสธรมาช่วยกองทัพที่ยกไปจากกรุงเทพฯ จนสามารถมีชัยเหนือเจ้าอนุวงศ์และจับกุมตัวลงมากรุงเทพฯ ได้สำเร็จ รัชกาลที่ 3 จึงพระราชทานบำเหน็จให้ท้าวสุวอธรรมาเลือกทำเลที่จะสร้างเมืองขึ้นรวม 4 แห่ง ซึ่งในที่สุดท้าวสุวอธรรมาได้เลือกสร้างเมืองที่บ้านไผ่ เรียกชื่อว่าเมืองหนองคาย เมื่อ พ.ศ. 2370 ต่อมาในปี พ.ศ. 2434 เมืองหนองคายได้เป็นสถานที่ตั้งมณฑลลาวพรวน จนกระทั่ง พ.ศ. 2436 จึงได้ย้ายไปตั้งที่ทำการมณฑลที่บ้านหมากแข้ง เนื่องจากได้เสียดินแดนฝั่งซ้ายแม่น้ำโขงให้กับฝรั่งเศส ต่อมาในปี พ.ศ. 2443 ได้จัดตั้งมณฑลอุดรขึ้นที่บ้านหมากแข้ง เมืองหนองคาย จึงมีฐานะเป็นเมืองหนึ่งของมณฑลอุดร หลังจากยกเลิกการปกครองแบบมณฑลเทศา ภิบาลในปี พ.ศ. 2476 จังหวัดหนองคายซึ่งขึ้นกับมณฑลอุดรได้แยกตัวออกมาเป็นจังหวัดหนองคายในปัจจุบัน