นราธิวาส เดิมเป็นเพียงหัวเมืองชายแดนภาคใต้ หนึ่งในแปดหัวเมือง อันได้แก่ ปัตตานี หนองจิก ยะหริ่ง สายบุรี ระแงะ รือมัง จาลอ หรือยาลอ และจะนะ ประชากรใช้ภาษามลายูพื้นเมืองเป็นภาษาพูด ส่วนภาษาเขียนเป็นภาษาอาหรับดัดแปลง การอ่านเป็นภาษามลายูและโรมันมาเป็นภาษายาวี ประชากรส่วนใหญ่นับถือศาสนาอิสลาม ในขณะนั้น นราธิวาสมีสภาพเป็นเพียงหมู่บ้านแห่งหนึ่งชื่อว่า "บ้านบางนรา" เพราะตั้งอยู่ริมแม่น้ำบางนราใกล้กับทะเล มีการปกครองขึ้นกับเมืองสายบุรี ครั้นต่อมาถูกโอนมาขึ้นกับเมืองระแงะ ในปี พ.ศ. 2449 พระบาทสมเด็จพระจุลจอมเกล้าเจ้าอยู่หัว ได้รวมหัวเมืองทั้งหมดเป็นมณฑลเทศาภิบาล เรียกว่า มณฑลปัตตานี ในช่วงเวลานั้นทางราชการได้ย้ายศาลาว่าการจากเมืองสายบุรีมาตั้งอยู่ที่บ้านบางนรา ด้วยเหตุที่ว่าบริเวณที่ตั้งของบ้านบางนรานั้นได้เจริญเป็นชุมชนใหญ่ มีการค้าทั้งทางบกและทางทะเลคึกคักกว่าเมืองสายบุรี ดังนั้น จึงได้ลดฐานะเมืองระแงะและเมืองสายบุรีลงมาขึ้นกับเมืองบางนราแทน จนกระทั่งถึงปี พ.ศ. 2458 พระบาทสมเด็จพระมงกุฎเกล้าเจ้าอยู่หัวได้ทรงเปลี่ยนชื่อเมืองบางนราเป็นนราธิวาส